2012年我国管辖海域94%的海水水质符合*类海水水质标准，但近岸海域污染问题依旧突出，生态系统健康状况不佳。近岸海域海水水质为劣四类的近海海域的面积较上年明显加大，约1.9万平方公里， 81%实施监测的近岸河口还有海湾等非常典型的海洋生态系统则处于亚健康和不健康的状态，入洋入海排污口超标排放现象依然严重，河流污染物排放居高不下。
公报同时显示：蓬莱19-3油田溢油事故和大连新港“7.16”油污事件对邻近海域生态环境造成的污染损害依然存在。日本福岛核泄露事故未对我国管辖海域造成影响，但日本福岛以东及东南方向的西太平洋海域仍受到福岛核泄漏事故影响显著。
国家海洋环境监测中心主任关道明：“离我们国家大陆架专属经济区比较近的海域，中国台湾以南的地方发现了核辐射。从目前来看，在太平洋的水里捕到的鱼都或多或少的有核污染，但是我们掌握的情况是还不足以核威胁和安全影响，至于说超标很多倍的，目前我们海洋局检测的品种中，还未发现大规模超标的，一旦发现，会及时向公众公布，以保证大家的食品安全。”